Program Studi Media dan Komunikasi Program Magister berdiri dari kebutuhan alumni Ilmu Komunikasi UIN Sunan Kalijaga untuk melanjutkan studi pascasarjana, seiring dengan meningkatnya tuntutan kompetensi di bidang media digital. Untuk memastikan relevansi keilmuan, tim penyusun proposal melakukan studi banding ke Universiti Sains Islam Malaysia (USIM) yang memiliki Master of Communication (Media and Management), ke University of the Philippines Diliman, serta ke Program Magister Kajian Media dan Budaya UGM Yogyakarta dan Magister Ilmu Komunikasi UNDIP Semarang.
Bidang ini tergolong rumpun kajian baru yang dibuka oleh Kemendikbud, sehingga jumlah perguruan tinggi yang memiliki program sejenis masih sangat terbatas. Saat itu hanya Universitas Airlangga (UNAIR) Surabaya yang memiliki Program Magister Media dan Komunikasi di bawah naungan Dikti. Fakta ini memperkuat urgensi pendirian program studi di UIN Sunan Kalijaga, khususnya di lingkungan pendidikan tinggi Islam, mengingat tingginya kebutuhan tenaga ahli media dan komunikasi yang disampaikan oleh mitra kerja sama maupun calon pengguna lulusan.
Selain benchmarking, tim penyusun juga mengikuti Focus Group Discussion (FGD) bersama Asosiasi Pendidikan Tinggi Ilmu Komunikasi (ASPIKOM) pada Maret 2022 untuk membahas Capaian Pembelajaran Lulusan (CPL). Hasil FGD tersebut menjadi rujukan dalam merancang profil lulusan sekaligus sistem penjaminan mutu sesuai dengan Permendikbudristek No. 53 Tahun 2023. Dengan landasan ini, Program Studi Media dan Komunikasi Program Magister UIN Sunan Kalijaga diusulkan sebagai program pascasarjana yang mengintegrasikan media, komunikasi, dan keislaman, dengan orientasi pada kebutuhan global era digital.